Kirgistan liegt im Hochgebirge des Tienshan, dessen höchste Erhebungen über 7000 m erreichen. Die Grenze zu China verläuft auch über den 7439 m  hohen Pik Pobedy, den höchsten Berg des Landes und zweithöchsten Gipfel der ehemaligen UdSSR. Im Süden von Kirgistan erheben sich Alai- und Transalaigebirge sowie Ausläufer des Pamir. Insgesamt liegen mehr als 50 Prozent der Staatsfläche höher als 2500 m. Gletscher und ewiger Schnee bedecken immerhin drei Prozent der Landesfläche.

Der Issyk-Kul ist der größte See Kirgistans.Die Bevölkerung konzentriert sich vor allem im Tschüi-Tal im Norden und dem Fergana-Tal im Süden sowie um den großen See Issyk-Kul. Den südlichen Abschluss des Landes bildet die Gebirgskette des Alai mit dem Pik Tandykul (5544 m ) als höchsten Gipfel. Zu den bedeutendsten Flüssen des Landes gehören der Naryn, der Tschüi und der Talas.

Bis in eine Höhe von 1500 m besteht das Land aus Steppe, die allerdings durch weitläufige Bewässerungssysteme urbar gemacht worden ist. Ab 1500 m herrschen alpine Wiesen und Weiden vor, die bis an die Schneefelder und Gletscher heranreichen. Die Wälder befinden sich in Höhenlagen von 1500 bis 4000 m ü. NN und beherbergen etwa 120 Baum- und Straucharten. Mit nur vier Prozent Waldfläche ist Kirgistan eines der waldärmsten Länder Asiens.

Issyk-Kul Pik Lenin (7134 m) alpine Vegetation in den Hochregionen Kirgistans Die Inyltschek-Gletscher liegen im Grenzdreieck zwischen Kirgisistan, Kasachstan und dem Uigurischen Autonomen Gebiet Xinjiang der Volksrepublik China.

Über die Hälfte des Landes wird vom Naryn und anderen Nebenflüssen des Syrdarja entwässert. Zahlreiche kleinere und mittlere Flüsse entspringen im Norden des Landes, versickern aber in den Wüsten und Halbwüsten des südlichen Kasachstan. Größter See der Republik ist der Issyk-Kul, welcher auf einer Höhe von etwa 1600 Metern über dem Meeresspiegel liegt. Im Allgemeinen herrschen in Kirgistan Steppen und alpine Vegetation vor. Es gibt viele seltene Tierarten, darunter Tienshan-Braunbär, Rotwolf und Schneeleopard.